یک مدل ریاضی جدید برای مساله استنباط هاپلوتایپ‌ها از ژنوتایپ‌ها با معیار پارسیمونی
نویسندگان
چکیده مقاله:
The haplotype inference is one of the most important issues in the field of bioinformatics. It is because of its various applications in the diagnosis and treatment of inherited diseases such as diabetes, Alzheimer's and heart disease, which has provided a competition for researchers in presentation of mathematical models and design of algorithms to solve this problem. Despite the existence of a robust literature, a need is still felt for providing new or improved methods because of the NP-hard nature of the problem. Haplotype inference is expressed by different criteria. Parsimony is one of the most important criteria here, and the problem in this study is examined with this criterion. Haplotype inference by parsimony criterion solving methods are divided into two categories: exact and approximate. The exact methods often formulate this problem as an integer programming model. Recently, in an article an exact model, HI Base- 10, for haplotype inference has been proposed, which first corresponds a number to each haplotype and genotype, and then forms the model based on these numbers. As a result of this action, it does not impose any variable and constraint corresponding to heterozygous sites in the model. In this paper, we correspond numbers to the genotype in a different approach and form a mixed binary model based on these numbers. As a result of this conversion, the new model has fewer variables than the HI Base- 10, and it doesn’t have integer variable. In addition, in the new model, there is no variable and constraint corresponding to homozygous sites, and they are assigned to heterozygous sites. In addition, the value of the model is determined considering the large number of homozygous sites compared with heterozygous sites.
منابع مشابه
روشی جدید برای تعیین نمره معیار با استفاده از مدل رش
به دلیل ایرادات روشهای سنتی تعیین نمره معیار که معمولا به صورت نه چندان دقیق انجام می گیرد، تحقیق حاضر بدنبال ارایه مدلی جدید بر اساس مدل رش می باشد. تعیین نمره معیار دقیق و پیوند آن به توانایی واقعی افراد یکی از ضرورت های دنیای امروز می باشد. چارچوب مشترک اروپایی ارجاع، به عنوان یک مرجع مهم و اساسی در سنجش و آزمون سازی تاکید زیادی بدین مهم کرده است. روش پیشنهادی در این مقاله، با تلفیق روشهای ...
متن کاملیک معیار جدید انتخاب مدل مبتنی بر داده تاگی
یک چالش اساسی در استنباط مدلهای آمیخته، معرفی معیارهای کارا برای انتخاب مدل است. منبع اصلی این چالش نیز برازش و محاسبه ماکسیمم تابع درستنمایی مدل می‌باشد. داده تاگی روش جدیدی است که برای برازش کارای مدلهای آمیخته با روش ماکسیمم درستنمایی پیشنهاد شده است. این روش، اخیرا، طرفداران زیادی پیدا کرده است و مشکلات عمده سایر روشهای استنباط مبتنی بر درستنمایی در مدلهای آمیخته را ندارد. یکی از معایب ...
متن کاملارائه یک مدل ریاضی جدید برای برنامه‌ی زمان‌بندی نیروی انسانی و حل آن با استفاده از الگوریتم ژنتیک
در این نوشتار روشی برای برنامه‌ریزی عدد صحیح به‌منظور برنامه‌ی زمان‌بندی نیروی انسانی، با فرض در نظر گرفتن تجربه، تخصص و مطلوبیت افراد ارائه شده است. مسئله‌ی برنامه‌ی زمان‌بندی نیروی انسانی که زیرشاخه‌یی از برنامه‌ریزی تولید است، به‌دلیل تخصیص منابع به عناصر در یک پهنه‌ی زمانی یا مکانی با توجه به محدودیت‌ها، خواسته‌ها و نیازهای سیستم، و با هدف کمینه‌کردن هزینه‌ها و استفاده‌ی بیشینه از منابع از ...
متن کاملآنالیز یک مدل ریاضی برای ژنتیک جمعیت
در این مقاله با استفاده از معادله پخش در مساله مقدار اولیه و مساله مقدار مرزی - اولیه و همچنین استناد به نظریه کلاسیک ژنتیک جمعیت، پدیده هایی مانند اثر آستانه ای و اطلاعات کیفی راجع به رفتار عمومی جوابهای معادله پخش برای مدلهای ژنتیکی بررسی می شود.
متن کاملیک مدل ریاضی جدید برای طراحی بهینه آبیاری نواری بر مبنای تحلیل حساسیت ضریب وزنی شاخص‌ها
As pressurized irrigation is not possible for all circumstances, the use of modern techniques in surface irrigation is essential. In this paper, BISEDOM, a new mathematical model for evaluation, design and optimization of border irrigation is introduced. The effects of weighting coefficients of indicators are investigated based on the potential to improve and the most appropriate weighting sche...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 15 شماره 4
صفحات 61- 77
تاریخ انتشار 2019-01
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی برای این مقاله ارائه نشده است
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023